昭和百年。世界人口は百億を超え、資源探求のための国際的宇宙開発事業が進行していた。ロボット工学の権威・楢崎は、かつての助手に研究再開を依頼されるも、隠遁生活の中、科学の誤用も懸念しそれを断る。一方、火星より帰還中の宇宙貨物船が日本に墜落、積載されていた怪獣ネガドンが覚醒。人間の攻撃を物ともせず首都東京に向け侵攻する。その模様をTVで見つめる楢崎の脳裏に、事故で亡くした娘との約束が蘇る。